在营改增试点运行过程中，各方陆续反映了一些政策执行中出现的操作问题有待统一和明确。为此，税务总局制定了《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》，明确了十个方面的问题：
一是纳税人销售活动板房、机器设备、钢结构件等自产货物的同时提供建筑、安装服务，明确不属于混合销售，应分别核算货物和建筑服务的销售额，分别适用不同的税率或者征收率。
二是明确了建筑企业签订建筑合同后以内部授权或者三方协议等方式，授权其集团内其他单位提供建筑服务的，在业务流、资金流、发票流“三流”不完全一致的情况下，如何计算缴纳增值税并开具发票。
三是明确了纳税人在同一地级行政区范围内跨县（市、区）提供建筑服务的，不实行《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》中异地预征的征管模式。
四是明确甲方无论是自行采购电梯交给电梯企业（一般纳税人，下同）安装，还是从电梯企业采购电梯并由其安装，电梯企业提供的安装服务均可以按照甲供工程选择适用简易计税方法计税。同时，对电梯进行日常清洁、润滑等保养服务，应按现代服务适用6%的税率计税。
五是统一政策口径，明确了纳税人提供的植物养护服务，按照“其他生活服务”缴纳增值税。
六是明确了银行卡跨机构资金清算业务中各涉税主体如何计算缴纳增值税以及发票开具等问题。
以典型的POS机刷卡消费为例（注：相关费用金额均为假设），消费者（持卡人）在商场用银行卡刷卡1000元购买了一台咖啡机，要实现货款从消费者的银行卡账户划转至商户账户，商户需要与收单机构（在商户安装刷卡终端设备的单位）签订服务协议，并向其支付服务费。除收单机构外，此过程中还需要清算机构（中国银联）和发卡机构（消费者所持银行卡的开卡行）提供相关服务并同时收取服务费。涉及的资金流为：（1）刷卡后，消费者所持银行卡的发卡机构从其卡账户中扣除咖啡机全款1000元；（2）发卡机构就这笔业务收取发卡行服务费6元，并需向清算机构支付网络服务费1元，因此，发卡机构扣除自己实际获得的5元（6-1=5）后，将货款余额995元（1000-5=995）转入清算机构；（3）清算机构扣减自己应分别向收单机构和发卡机构收取的网络服务费（各1元）后，将剩余款项993元（995-1-1=993）转入收单机构；（4）收单机构扣减自己实际获得的收单服务费3元，将剩余款项转入商户；（5）最终，商户获得咖啡机销售款，并支付了10元手续费，最终收到990元。
在上述业务中，发卡机构应以6元为销售额，并向清算机构开具6元增值税发票，同时，可向清算机构索取1元增值税发票用于进项税抵扣；清算机构应以8元为销售额，并向发卡机构开具1元增值税发票，向收单机构开具7元增值税发票，同时，可向发卡机构索取6元增值税发票用于进项税抵扣；收单机构应向商户开具10元增值税发票，并可向清算机构索取7元增值税发票用于进项税抵扣。
七是为回应纳税人诉求，明确在符合规定的前提下，将纳税人补开增值税发票的时间延长至2017年12月31日。纳税人2016年5月1日前发生的营业税涉税业务，需要补开发票的，可于2017年12月31日前开具增值税普通发票（税务总局另有规定的除外）。需要补开发票的情形主要有：
（一）已申报营业税，未开具发票的；
（二）已申报营业税，已开具发票，发生销售退回或折让、开票有误、应税服务中止等情形，需要开具红字发票或重新开具发票的；
（三）已补缴营业税税款，未开具发票的。
八是进一步优化纳税服务，缩短办理增值税专用发票最高开票限额的审批时限。实行实名办税的地区，已由税务机关现场采集法定代表人（业主、负责人）实名信息的纳税人，申请增值税专用发票最高开票限额不超过十万元的，主管国税机关由受理申请之日起20个工作日内办结提速至2个工作日内办结，有条件的主管国税机关即时办结。
九是将建筑业纳入增值税小规模纳税人自行开具增值税专用发票试点范围。
十是将现行增值税专用发票、机动车销售统一发票以及海关进口增值税专用缴款书的认证、确认或申请稽核比对的时限由180日放宽至360日。